故事发生在遥远的异世界“京”，距离元宫茜（川上伦子 配音）成为神龙神子已经经过了数月，她和保护她的八叶之间也有了深厚的感情羁绊。为了为京都祈福，橘友雅（井上和彦 配音）接受了建造宫殿的命令，可是工期总因为无缘无故的大火而遭到延迟，阴阳师安倍泰明（石田彰 配音）觉得十分可疑，因此展开了调查。另一边，京都发生了孩童被拐走的恶性案件，无论如何都不能坐视不管的茜踏上了寻找真相的路程。在雨中，茜遇见了名为多季史（樱井孝宏 配音）的神秘男子，后者为茜披上了挡雨的薄衣后匆匆的消失。他究竟是谁？京都的火灾与孩童的失踪与他有着怎样的联系？茜开始有了一种不祥的预感。

　　『聖少女戦隊レイカーズEX』は、パソコンゲーム『聖少女戦隊レイカーズ』I、II、IIIを原作に新たにSF的な世界観を追加して製作されたR指定のオリジナルSF美少女アクションアニメーション作品。メインキャラクターのプロテクターのデザイン着色がほぼ原作に忠実に再現されている。KAMIKAZEとは、株式会社アップルパイの中にあるブランド名レイカーズシリーズを主に作製している。