小爱和小优的父母——早川夫妇，是研究异界的博士。在某天早川夫妇俩去了异界后就再没有回来了。于是，久等父母未归的小爱、小优就乘上通往异界的地铁，往异界进发去了……在地铁上遇到的理沙，知道小爱和小优去异界是为了寻找他们的父母。决定与他们一同出发，保护他们俩……黑色的风，神秘的男子，手中的魔枪，是破坏世界的武器还是……白色的云，仍是谜样的男子，手中的剑，是敌人还是……可怕的伯爵和他的手下——四将士，究竟还有多少的阴谋？欧美加——这强大的力量，它四处散落的碎片最后会怎样呢？混沌——最后真的会吞食所有的一切吗？我是法菲德，异界的导航者。而这里将要开始的是最终幻想——无限！

　　本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。　　2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。　　这一切都是命运石之门的选择。