莲川一也（佐佐木望 配音）是一个平凡的少年，和哥哥莲川一弘（井上和彦 配音）过着相依为命的生活。哥哥即将结婚了，可是，他的结婚对象竟然是一也的初恋，这让初涉爱河的一也备受打击，感到在家中毫无容身之处。　　终于，一也升入了高中，虽然过程有一点坎坷，但是踏入私立绿都学院高中校门的一瞬间，他的内心还是有着小小的激动。一也入住了男生宿舍绿林寮，在这里，他结识了风度翩翩温柔体贴的宿舍长池田光流（岩田光央 配音）、总是绷着一副面孔但实际上非常温柔的手冢忍（关俊彦 配音）和看上去完全就是一个女生但实际上是男儿身的如月瞬（坂本千夏 配音）等人。

　　故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。

21世纪人类开始开发宇宙。但是受到宇宙生物群（通称宇宙怪兽，STMC）：一种以恒星作载体繁殖的生物来袭，使人类文明受到重大威胁。为了对抗宇宙怪兽，人类持续开发机器人兵器和宇宙战舰，由地球上的机器人训练学校找出优胜的驾驶员控制。2015年，在人类史上第一次和宇宙怪兽接触后，故事的女主角高屋法子进入了机器人训练学校接受训练，驾驶对抗宇宙怪兽最强武器：Gunbuster，开始了她守护地球使命的故事。