上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

　　故事开始于三千年前的中国北方，外敌入侵，皇帝为了得到强大的力量与其对抗而向神龙借来了宝珠。皇帝允诺战争胜利之后一定会将宝珠归还，然而他却在战斗中牺牲了，宝珠也就此失去了下落。　　一晃眼几千年过去，澳大利亚男孩乔西（路易斯·科贝特 Louis Corbett 饰）跟随着一支中澳联合考古队，千里迢迢来到了中国，来这里寻找自己的父亲切兹博士（山姆·尼尔 Sam Neill 饰），切兹博士在中国担任着考古队队长的职务。在机场，乔西偶然遇见了父亲的同事李博士（王姬 饰）和她的女儿小玲（李林金 饰），两个孩子相见甚晚，之后在误打误撞之中踏上了寻找龙珠的旅途。